Pinairal ni Willian McKinley, Pangulo ng Estados Unidos, ang isang pamahalaang militar sa Pilipinas. Noong agosto 14, 1898, initasan niya si Heneral Wesley Merritt na manungkulan sa Pilipinas bilang unang gobernador militar. Binigyan niya si Merritt ng kapangyarihang tagapagbatas, tagapagpaganay at tagahukom. Tinutulan ito ni Heneral Emilio Aguinaldo, ngunit hindi siya pinakinggan.
*Schurman Commission (1899)
Nang nakasiguro na ang mga Amerikano na magtatagumpay sila sa digmaan, nagpasiya na si McKinley na magkaroon ng patakaran ukol sa pamamahala sa Pilipinas. Noong ika-20 ng Enero 1899, lumikha siya ng isang komisyon at hinirang niya si Jacob Gould Schurman bilang tagapagpangulo nito. Ang gawain ng komisyon ay ang:
1. Palawakin sa mapayapang paraan ang kapangyarihan ng Estados Unidos sa buong Pilipinas; 2. Pangalagaan nang matalino at maayos ang buhay at ari arian; 3. Unawain at igalang ang mga kaugalian, kinagawian, at iba pang mga institusyong Pilipino.
* Taft Commission
Noong ika-16 ng Marso 1900, nagpadala muli si McKinley ng isang komisyon na ang naging tagapangulo ay si William H. Taft. Ang tagubilin ni McKinley sa komisyon ay:
1. Ipabatid sa mga Pilipino na ang pamahalaang itatayo ng mga Amerikano sa Pilipinas ay para sa mga Pilipino; 2. Igalang ng mga kagawad ng komisyon ang mga kaugalian, kinamulatan, at kinagawian ng mga Pilipino. 3. Magbukas ng mga paaralang elementarya sa Pilipinas at gamitin ang wikang Ingles sa pagtuturo nito.
* Pamahalaang Sibil
Naitatag ang Pamahalaang Sibil sa Pilipinas bunga ng tinatawag na Johnsis Spooner 1901. Noong Marso 2, 1901. Ang pangulo ng Amerika ay binibigyan ng kapangyarihang magtayo ng pamahalaang sibil sa Pilipinas. Hinirang na gobernador sibil ng Pilipinas si William H. Taft noong Hulyo 4, 1901.
* Batas Cooper
Noong Hulyo 1, 1902, inilipat sa Kongreso ang pamamahala ng Pilipinas at pinagtibay ang isang batas na kilala sa tawag na Batas Cooper. Ito ay:
1. Nagtadhana ng "talaan ng mga karapatan." 2. Lumikha ng mga kagawaran ng pamahalaan tulad ng Kagawaran ng Komersiyo at Pulisya at Kagawaran ng Instruksiyon Publiko. 3. Nagsabatas ng pagkakaroon ng dalawang komisyoner mula sa Pilipinas bilang kinatawan sa Kongreso ng Estados Unidos upang ipagtanggol ang kapakanan ng Pilipinas.