Abril 21, 1898 nang dumating sa Hong Kong ang namumuno sa hukbong dagat (naval fleet) ng Amerika sa Asya na si Commodore George Dewey. Inatasan siyang pumunta sa Pilipinas upang labanan ang mga Espanyol dito. Noong araw ding iyon, dumating sina Emilio Aguinaldo, Gregorio del Pilar, at J.M. Leyba sa Singapore. Agad pinadalhan ni Commodore Dewey ng telegrama si E. Spencer Pratt, konsul ng Amerika sa Singapore, na himukin si Aguinaldo na magbalik sa Pilipinas upang ipagpatuloy ang himagsikan laban sa mga espanyol.
Napasok ng iskuwadron ni Dewey ang Maynila noong madaling araw ng Mayo 1, 1898 nang walang kamalay-malay ang mga Espanyol. Nag-umpisa ang labanan nang 5:41 ng umaga at natalo ang mga Espanyol nang 12:30 ng hapon.
Ginawa ni Aguinaldo ang makasaysayang pagwagayway ng watawat ng Pilipinas na tinahi ni Marcela Agoncillo habang tinutugtog ang Himno Marcha Nacional sa balkonahe ng kanyang bahay noong Hunyo 12, 1898. Ngunit ang tagpong ito ay itinuturing pormal na pagpapakita ng watawat ng bansa.
Sinabing unang ibinandila ang watawat ng bansa nang manaig ang mga Katipunero sa pangunguna ni Aguinaldo laban sa mga mananakop na Kastila sa binansagang “Battle of Alapan" sa Imus, Cavite noong May 28, 1898 – ang petsang idineklarang National Flag Day.
Ayon sa mga Amerikano, layunin nila sa pagtungo sa ating bansa ang tayo ay matulungang lumaya mula sa Espanya. Ngunit sinakop nila ang Pilipinas at isinulong ang kanilang pansariling interes lamang.
Nagkaroon ng sabwatan ang mga Espanyol at Amerikano at isinalin ng mga Espanyol ang Pilipinas sa kamay ng mga Amerikano. Ito ay ikinagalit ng mga Pilpino, kaya't nagkaroon ng digmaang Pilipino-Amerikano.
Noong Agosto 13, 1898 ng umaga, naganap ang pagkukunwaring labanan ng mga Amerikano at Espanyol, at nang ika 5:30 ng hapon, isinuko ng mga Espanyol ang lungsod sa mga Amerikano. Nang magtangkang pumasok ang mga Pilipino sa Maynila, sila ay binalaan ni Heneral Greene, ang namuno sa pangalawang grupo ng mga sundalong Amerikano na tumutulong kina Commodore Dewey at Heneral Merritt sa pagsalakay sa Maynila. Kung magpumilit pumasok ay papuputukan ang mga Pilipino.
Dito nagsimula ang di-pagkakasundo ng mga Pilipino at mga Amerikano. Dumami na nang dumami ang mga sundalong Amerikano at lumakas na ang kanilang hukbo. Lumabas ang tunay na dahilan ng pagpunta ng mga Amerikano sa Pilipinas. Ito ay upang sakupin at gamitin ang Pilipinas para sa sariling kapakanan lamang.